El Colegio Nihon Gakko se habilitó como Escuela Primaria y Pre-primaria por Resolución No. 15 del Ministerio deÑ. Educación y Cultura de fecha 3 de marzo de 1993. Abrió sus puertas el 8 de marzo del mismo año.
La institución fue ideada por sus Directores, el Prof. Dr. Dionisio Ortega y su señora, la Prof. Dra. Hermelinda Alvarenga de Ortega, quienes luego de haber realizado estudios de investigación en el Japón, decidieron revertir los conocimientos y experiencias adquiridos en el lejano país, creando una institución con el deseo de difundir a través de la enseñanza, pautas y valores de la cultura japonesa para reforzar positivamente la educación de las nuevas generaciones de paraguayos, de allí se desprende el lema del Colegio “EDUCACIÓN EN VALORES, EDUCACIÓN COMO INVERSIÓN” La institución ofrece a los niños y jóvenes una educación de calidad mediante la adquisición permanente del conocimiento, la práctica de los valores y la transmisión de la cultura propia y universal para responder a sus necesidades y a las de la sociedad en la que les corresponda actuar.
